Закон наделил министерство полномочием ликвидировать исправительные учреждения. Решение о ликвидации должно быть согласовано с органами исполнительной власти субъектов РФ. Ранее данное полномочие осуществляло Правительство РФ.

В аналогичном порядке Минюст России сможет принимать решения об изменении вида исправительных учреждений.
Поправки внесены в целях приведения Закона об учреждениях и органах, исполняющих уголовные наказания, в соответствие с Порядком создания и ликвидации федеральных государственных учреждений, утв. Постановлением Правительства РФ от 26.07.2010 N 539.

Согласно данному порядку решение о ликвидации учреждения должно принимать не Правительство РФ, а федеральный орган исполнительной власти, регулирующий соответствующую сферу деятельности, применительно к исправительным учреждениям таким органом является Минюст России.